編成の並び順は旗艦以外の順番は関係ありますか？

砲撃戦の２巡目と野戦では上から順番に攻撃を行います。空母など野戦での攻撃に参加できないキャラだと敵から連続攻撃をされますので若干不利な戦況に置かれることになります。

また、MVPは敵に与えたダメージの総量で決まりますので、下の位置にいるほど攻撃順が回って来ないまま終了となりMVPを取れないことも多くなります。MVPは経験値が多く貰え、疲労度の回復などの恩恵がありますので、メインで使いたいキャラはなるべく上の位置に配置した方が良いでしょう。